| Abstract |
: |
Rumput laut merupakan komoditas ekspor utama di Indonesia. Nilai produksi rumput laut indonesia mencapai 21,189 Triliun rupiah dengan volume produksi 9.746.045 Ton pada tahun 2018 [1]. Produksi tersebut mencakup rumput laut karaginofit yaitu rumput laut yang menghasilkan karaginan, terutama jenis Kappaphycus dan Eucheuma. Rumput laut Rhodophyta jenis Kappaphycus dibudidayakan di hampir seluruh pelosok Indonesia, salah satunya di Pulau Jawa, mulai dari kawasan Kepulauan Seribu di DKI Jakarta, Jepara, Rembang, Kepulauan Karimunjawa, Madura, dan Banyuwangi.
Spesies rumput laut dari genus Kappaphycus sulit dibedakan secara morfologis [2] Meskipun secara bentuk fisik mirip, namun karakteristik kandungan karaginan pada masing-masing genus berbeda, Hal tersebut dapat berpotensi menghambat pengembangan produksi rumput laut akibat kesalahan identifikasi spesies budidaya serta menjadi permasalahan dalam pengadaan bibit. Identifikasi spesies rumput laut Kappaphycus secara molekuler merupakan salah satu solusi untuk memberikan kepastian pada pembudidaya rumput laut untuk memilih bibit. Selain itu, identifikasi molekuler juga penting dalam sistem traceability produk rumput laut [3,4]. Secara jangka panjang, identifikasi molekuler rumput laut juga penting dalam pembuatan basis data mengenai informasi varian spesies Kappaphycus budidaya, serta mengetahui keanekaragaman intraspesies sebagai pendataan potensi untuk pengembangan dan pemuliaan bibit rumput laut secara genetis [5]. Penelitian ini secara umum bertujuan untuk melakukan identifikasi spesies dan keragaman genetis dari rumput laut Kappaphycus yang dibudidayakan di perairan utara Pulau Jawa.
Tahapan metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah pengambilan sampel K. alvarezii di beberapa lokasi budidaya di Pulau Jawa yaitu di Pulau Pari Kepulauan Seribu, Pulau Panjang, Kemojan Karimunjawa, Kabupaten Situbondo dan Kabupaten Banyuwangi dengan total 15 sampel rumput laut berbeda. Sampel tersebut kemudian dianalisis secara molekuler dengan menggunakan metode DNA barcoding. Konsep utamanya adalah dengan mengidentifikasi target gen tertentu atau gen barcode dari rumput laut melalui konjugasi untai DNA gen tersebut dengan DNA primer [6] Gen barcode yang digunakan adalah gen rbcL dari kloroplas rumput laut karena memiliki sifat yang variabel antar genus rumput laut maupun antar spesies sehingga dapat digunakan untuk membedakan variabilitas genetik baik interspesifik maupun intraspesifik pada genus Kappaphycus [7]. Selain dapat mengidentifikasi varian spesies rumput laut berdasarkan database genomik genus Kappaphycus di GenBank, DNA barcoding juga memungkinkan untuk melakukan analisis diversitas dan kekerabatannya secara genetis dengan spesies lain yang teridentifikasi [2,5,8]. Gen target dari primer kemudian diamplifikasi menggunakan PCR dan dilakukan sekuensing untuk mendapatkan urutan basa nitrogen dari gen barcode. Hasil sekuen tersebut kemudian dianalisis menggunakan BLAST untuk memverifikasi spesies sampel dengan spesies-spesies Kappaphycus pada database GenBank. Analisis selanjutnya adalah pembuatan pohon filogenetik menggunakan software MEGA serta analisis diversitas genetiknya berdasarkan polimorfisme nukleotida menggunakan software DNASP. Hasil akhir yang didapat adalah data spesies-spesies Kappaphycus yang dibudidayakan di wilayah Pulau Jawa, kekerabatannya, serta nilai diversitas genetiknya
|
